Aplikasi
Avogadro
Avogadro
adalah software kimia gratis, open source, tersedia dalam berbagai paltform
sistem operasi merupakan editor molekul yang dirancang untuk digunakan secara
fleksibel dalam kimia komputasi, pemodelan molekul, bioinformatika, ilmu
material, dan bidang terkait lainnya. Avogadro yang tersedia dapat dijalankan
pada sistem Windows, Linux, dan Mac OS X. Kode sumber sumber tersedia di bawah
GPL GNU. Menurut saya aplikasi ini sangat bagus dengan kelebihan ukuran filenya
sangat kecil (tidak lebih dari 10 MB). Tampilan yang bagus dan sudah bisa
dihandle oleh perangkat keras kebanyakan sekarang.
Apa
yang dapat dilakukan Avogadro?
- Dapat melakukan pengunduhan secara langsung dari PDB (protein data bank) atau PubChem (database dari molekul kimia dan aktivitasnya terhadap uji biologis)
- Inovatif “auto-optimation”, alat yang memungkinkan Anda untuk terus membangun dan memodifikasi, selama optimasi mekanika molekular.
- Antarmuka untuk banyak paket komputasi umum.
- Plugin yang memungkinkan Avogadro untuk diperpanjang dan disesuaikan.
- Embedded interpreter Python.
- Terjemahan tersedia dalam 19 bahasa lebih, termasuk antar muka juga sudah bisa berbahasa Indonesia, tersisa hanya beberapa bagian saja yang belum dialihbahasakan.
- Cross-Platform: Molekul pembangun / editor untuk Windows, Linux, dan Mac OS X.
- Intuitif: Dibangun untuk dapat digunakan dengan mudah bagi mahasiswa dan peneliti lebioh lanjut.
- Cepat: Mendukung multi-threaded rendering dan komputasi.
- Extensible: Plugin arsitektur bagi pengembang, termasuk rendering, tool interaktif, perintah, dan skrip Python.
- Fleksibel: Fitur OpenBable yang dapat digunakan untuk impor file-file kimia lain, input untuk beberapa paket kimia komputasi, kristalografi, dan biomolekul.
·
Nah sekarang saya akan memberikan informasi
tentang cara menggunakan aplikasi avogadro.
·
Pertama adalah buka aplikasi avogadro, maka akan
muncul tampilan seperti dibawah ini.
Jika Background hitam kurang menarik bagi Anda, Anda
bisa mengganti Background tersebut. Caranya adalah View menu → set
background color. Pilih warna yang Anda inginkan.
Hasilnya:
Untuk memulai membuat bentuk molekul, cara yang
pertama adalah klik tool settings. Maka akan muncul tampilna seperti di bawah
ini.
Langkah selanjutnya adalah, pilih ball and stick
pada display types. Dan tentukan molekul apa akan Anda gambar. Semisal saya
inggin mencoba menggambar C3H8. Maka pada draw Settings, saya memilih atom
pusat C, kemudian bond Order adalah single(karena ikatan di C3H8 adalah
tunggal), kemudian check pada adjust Hydrogens. Gambar molekul pada lembar
kerja.
Sudut yang terbentuk pada gambar diatas belum tepat,
maka untuk mengetahui sudut ikatan yang tepat adalah klik pada “Auto
Optimization Settings” dan klik Start.
Hasilnya adalah:
Selamat Mencoba… Semoga Bermanfaat :)
0 komentar:
Posting Komentar